微波真空干燥時間的選擇十分重要，也受著許多因素的影響。
1、系統的微波功率應與物料量相匹配。即根據蒸發量要求配應適當大小的系統裝置。
2、物料本身的干燥難易程度。即物料分子與水分子或相應溶劑的親和水平。
3、對成品含水率的要求。如一般干燥成品，含水率可以控制在3~5%，如要求低至1%或以下、干燥時間需相應地延長。
4、溶利種類。不同的溶劑所需的干燥時間及難易程度各有不同，而某些溶劑可能需要配合相應的回收系統。
物料的尺寸及特性：（南京金佰力微波設備有限公司）
微波具有穿透性，可以干燥相對較大的物料，但所需的干燥時間也因而有所改變。事實上，在微波真空干燥過程中，物料內部逐漸形成疏松多孔狀，其內部的導熱性開始減弱，即物料逐漸變成不良的熱導體。
隨著微波真空干燥過程的進行，內部溫度會高于外部，物料體積愈大，其內外溫度梯度就愈大，內部的熱傳導不能平衡微波所產生的溫差，使溫度梯度達到不能接受的水平。因此，除非有特殊理由，否則應預先把物料處理到較小的粒狀或片狀，以改進干燥的效果。
當物料必須以較大的形式出現時，需在物料接近減速干燥期時，降低微波功率，從而有效減少其內外溫差，但相對的反效果是延長了干燥時間。根據不同大小物料的干燥數據，減速干燥時間將從10~15分鐘延長至25~40分鐘，在大多數情況下，這一數據是可以接受的。
粉末狀產品在微波干燥時具有其獨特性。當它們被堆積在一起時，不應看成是許多小顆粒，而是一個大的整體，此時需要特別注意料層的內外溫差。
微波加熱的均勻性：（南京金佰力微波設備有限公司）
微波加熱的均勻性影響各部分物料的干燥速度，以及干燥后成品質量的均一性。
對單個物料而言，微波是整體加熱的，不存在外部先受熱，然后內部逐漸升溫的情況，從而體現熱均勻性的一面;然而，當觀察整個加熱腔內的物料，微波以多個模式在腔內形成諧振。
微波形成的模式愈多，加熱情況就愈均勻，但所形成的模式數目受腔體尺寸、形式、耦合口的位置和數量、物料多少等諸多因素影響。對這些條件的#化，能夠改善微波加熱的均勻性，然而卻不可能做到完全一致的加熱溫度。因為微波在諧振腔內來回反射，無論怎樣改良，仍存在波峰與波節相對密集的區域，電場能量不會完全一致。要取得一致的干燥效果，除非物料本身處于運動狀態，有助微波諧振模式的改變，從而改善熱均勻性。
物料混合干燥：（南京金佰力微波設備有限公司）
不同特性的物料或不同含水率的相同物料，不宜放在一起干燥。一般建議每次只干燥一種物料，因為不同產品的介電常數有異，不同含水率物質蒸發的速率也有區別，要在Z終達到同樣的干燥效果顯然是很困難的。
當然也有例外的情況，如干燥兩種混和了的不同粉體時，粉體處于ji細致并充分混合的情況下，可看作是同一種物質。這種原理也能應用到液體或膏狀物質里。
干燥的效率及經濟性：（南京金佰力微波設備有限公司）
效率是微波干燥法Z顯著的#勢，用冷凍干燥法處理可能需要20-30小時，但換上微波真空干燥法，只須1-2小時便可，大大地提高了效率及與之相關的綜合效益。值得一提的是，一些含酒精或其他溶劑的物料一根本是不能被凍結的。
同時，微波真空干燥法在能源節約上也有一定的#勢，通過大量實踐及綜合計算，可以提供一個近似的能耗值，每蒸發1千克水分，耗電量約1.6度。對于較高附加值的產品，這顯然是可以接受，而對一些附加值相對較低的產品，則需要從綜合成本計算。
此外，對于水果、蔬菜、及農副產品等含水率高達90~95%的產品，如果一開始便用微波將全部水分脫去是不經濟的，也會降低效率。正確的程序是預先將產品水分含量降至30~60%，才用微波真空干燥法脫去剩余水分。
系統的安全性：（南京金佰力微波設備有限公司）
要注意的是，系統不能空載運行，即加熱腔內必須盛有負載物。如果腔內無物料，微波經多次反射后會折返耦合口，從而在耦合口附近產生電場的疊加，形成很高的駐波。另一方面，腔內也不應有金屬物體，因為金屬物體會擾亂腔內的場強分布，可能引起不諧振和擴大駐波。
另一個必須注意的要點是，要嚴格防止微波泄漏。系統的進出口與外界相通的部位，均需要考慮微波的屏蔽或衰減，并確保微波不會干擾到其他探測元件的工作。
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